Archivo mensual: octubre 2007

Looking for the Patient Zero

How did HIV spread wordwide? This is one of the most obscure mysteries of the AIDS. A recent paper published in PNAS journal provides an answer for the initial steps of the disease after leaving Africa in 60s. As Dr. Worobey said:

“Our results show that the strain of virus that spawned the U.S. AIDS epidemic probably arrived in or around 1969. That is earlier than a lot of people had imagined, [..] Haiti was the stepping stone the virus took when it left central Africa and started its sweep around the world,”

Worobey-HIV-AIDS

The “USA first model” has been the most accepted for scientific community for several years and with these new data it could be possible to reorganize the different HIV strains and learn how the HIV mutated and diversified. Take together this info could help with the vaccine development.

This paper reminds me the OPV-AIDS hypothesis, which argues that AIDS originated from live polio vaccines prepared in chimpanzee tissue cultures which were administered to up to one million Africans between 1957 and 1960.

References:
EurekAlert
El País
PNAS

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El día de la marmota one more time

atrapado-en-el-tiempo.jpg

Levantarse, ducharse, desayunar corriendo

Correr para coger el bus

Trabajo, trabajo, hablar con el jefe, cafe, trabajo…. eh! los muy @!*%&# de la UPV me han vuelto a pagar mal mi sueldo y mira que es facil de cojones ya que VIENE ESCRITO EN EL BOPV!!!!

Trabajo, trabajo, hablar con el jefe, trabajo…

Vamos a ver si los de contratación saben algo…..: pues va a ser que no… es que no nos han dicho cuanto hay que pagaros (asi que os lo habeis inventado????).

Vamos a ver si los del vicerectorado de investigación saben algo…: Se han cambiado de despacho… a volver a andar 1 km bajo la lluvia.

Vamos a ver si los del vicerectorado de investigación saben algo…(toma II): Huy! es que hoy nos pillais mal, es el dia de la Ciencia y andamos muy ocupados haciendo…eh… ¿os he dicho que ha venido el director de politica cientifica? volver mañana…!

Trabajo, comer rápido, trabajo, hablar con el jefe (Si ya le he dicho que hasta mañana no acabo…!!) trabajo

Mirar el correo electrónico, trabajo, trabajo…

Casa, busqueda en Google: “como se fabrica el Napalm?”

(No os podeís imaginar cuantas veces me ha pasado ya esto…)

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The most useful sentences for researching

Do you need help with your research papers? Are you lost whenever you read scientific stuff? Maybe these sentences could aid you to understand the real meaning of the scientific writing:

“It has long been known” (I didn´t look up the original reference)

“A definite trend is evident” (These data seems practically meaningless)

“Of great theoretical and practical importance” (Interesting to me)

“While it has not been possible to provide definite answers to these questions” (This was an unsucessful experiment but I still hope to get it published)

“Three of the examples were chosen for detailed studies” (The others made no sense)

“Typical results are shown” (the best results are shown)

“It is believed that…” (I think)

“It is generally believed that…” (A couple of guys think so too)

“It is clear that much additional work will be requiered before a complete understanding of that phenomenon is possible” (I don´t understand any shit)

“Correct whitin an order of magnitude” (Wrong)

“It is hoped that this study will stimulate much work in this field” (This is a crummy paper but so are the others in this field)

“A careful analysis of obtained data” (Three pages of notes were obliterated when I knocked over a glass of beer)

“A stadistically oriented projection of the findings” (Wild guess)

“A highly significant area for exploratory studies” (A totally useless topic suggested by my commite)

“Thanks are due to John Smith for assistance with the experimental work and Paul Johnson for valuable discussion” (Smith did the work and Johnson explained to me what it meant)

I had them for several years over my work desk but I have no idea where did they come…

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Zeitgeist

Zeitgeist section

After saturday´s dinner, Aitor (50% of Linking Paths) recommended us an interesting documentary named “Zeitgeist” (which means something similar like “trends” or “spirit of the age” in German). It is made up of 3 different scenes, the first one speaks about the Old testament God and ancient religions, after that, the director deepens inside the 11/9 attack against Word Trace Center. Finally, he concludes with a dissertation on Federal Reserve system and its power. I catalogued this movie with the Conspiranoia tag, however some of its scenes are bright and impressive. I choose the initial speech about God:

“because I have to say the truth [..] about bullshits [..], all the times champion of the false promises and exagerate claims: religion. Think about it, religion has actually convinced people that is an invisible man, living in the sky, watching everything you do, every minute of every day. And the invisible man has an especial list of 10 things he doesnt want to you do, and if you do any of these 10 things, he has an especial place, full of fire and smoke and burning and torture and angry, where He will send you to live and sufer and burn and shock and scream and cry forever and ever, to the end of time!………… But He loves you!!!!”

Zietgeist the movie (1h:56min). English version with spanish, slovak, polish or Czech subtitles)

See&decide yourself!

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La historia (siempre) se repite

Hablaba el otro día de James Watson y su verborrea, y el fin de semana Rajoy nos regala otra joya del pensamiento al intentar argumentar que nadie puede predecir lo que ocurrirá con el clima en los próximos años:

“Yo sé poco de este asunto, pero mi primo supongo que sabrá. Y entonces dijo: ‘He traído aquí a diez de los más importantes científicos del mundo y ninguno me ha garantizado el tiempo que hará mañana en Sevilla. ¿Cómo alguien puede decir lo que va a pasar en el mundo dentro de 300 años?'”

Alguien en esa charla debiera haberse levantado para preguntarle a Rajoy si sabía cuanto dinero tenían en la cartera los asistentes y que en caso negativo como iba Rajoy a calcular el IPC de este año o negociar los presupuestos generales del estado. Creo que hubiera sido un ejemplo similar de falacia.

Aquellos que aparentan tener cierta credibilidad debieran ser un poco más responsables con lo que dicen.

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James Watson vs la realidad

James Watson

El Dr. Watson habla, el Laboratorio Cold Spring Harbour lo despide y el Dr. Watson se disculpa ¿Como pude haber dicho eso?. Falta saber ahora si volverá a su puesto y a esperar otro episodio más en la verborrea de este científico.

En realidad no ha dicho nada que no haya dicho antes algún político, un actor o deportista, pero como científico se le supone una altura moral e intelectual superior para todos los temas y en realidad los hechos han demostrado repetidamente que ser un premio Nobel no te libra de ser un capuyo (habría que hacer una lista de los más bocachanclas). Quizás el mayor problema de este asunto es que Watson no es cualquier científico ni siquiera cualquier premio Nobel. Es probablemente la figura más importante de la bioquímica del siglo XX, además de su papel en el descubrimiento de la estructura del DNA por su labor como supervisor del Proyecto Genoma humano en su primera etapa (1988) y por dirigir un referente para la ciencia moderna como es el Cold Spring Harbour Laboratory (CSHL).

PZ Myers se manifestaba anteayer contra la expulsión de Watson del CSHL:

“You have to be able to tolerate the tenure of assholes in order to have the possibility of heroes.”

Entiendo su punto de vista pero Watson ya venía apuntado miras con declaraciones homófobas y machistas. Opiniones que traspasan esa barrera subjetiva por ser dichas por un referente del conocimiento y de la razón humana como él, pues muchos considerarán ahora que existe alguna prueba experimental que soporta esa declaración. Nada más lejos de la realidad. Conviene destacar que el concepto de raza es algo tan poco importante desde el punto de vista genético que no sirve ni como método de clasificación. Las subpoblaciones humanas, si las hubiera desde el punto de vista genético , estarían muy lejos de estar clasificadas por el color de la piel o de los ojos. Por no hablar del hecho de que no existe ni una prueba de la existencia de diferencias genéticas asociadas a la capacidad intelectual entre poblaciones humanas. Lo único positivo de estas declaraciones es la desmitificación de los científicos de su calibre, que nos pone en alerta para cuando algún otro le de por hacer apología de la gilipollez.

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The Ultimate battle against Infectious Diseases

Yesterday I had the pleasure of attending a smart seminar titled “Infectious diseases are still with us”. The speaker was Dr. Vicente Larraga who discovered a vaccine against Leishmaniasis which is in its third year of being patenting/experimentation/bureacracy-surfing. Interestingly, yesterday, was also announced that Dr. Pedro Alonso had successfully made human assays using a Malaria´s vaccine (with newborns) which, as Leishmaniasis´ vaccine, gives more than 60% of efficacy against these overwhelming diseases.
Mosquito
Dr. Larraga showed us some data about incidence of several infectious diseases on population. Especially about ones that are “invisibles” for our immune system which involve some viri (AIDS), bacteria (TB) or protozoans (Leishmaniasis, Malaria).
As Dr. Larraga said when antibiotics and vaccines were discovered, many researches thought that Infectious disease age had finished, but that was not true for this group because all of them have a similar strategy for infecting: They lie hide inside the host cells until a trigger let them to replicate and invade other cells. In this scenario our immunity system fire against a really well covered enemy losing all our bullets.
With the discover and probe of these vaccines these amazing researchers could erase two of the most killer agents of our planet. In addition, they represent an isle of warriors who fight against “Diseases of poverty” while all the Corporations are saying “Gimme the money, man”. Good news.

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